9 сентября 1993 года Министры иностранных дел Кыргызской Республики и Российской Федерации подписали межправительственное соглашение об условиях учреждения и деятельности КРСУ.Первые 200 студентов ступили на порог университета в 1993 году. В 1997 году состоялись первые защиты выпускных бакалаврских работ, ещё через год, в 1998 году, первые защиты дипломных работ.В 2005 году получил имя первого Президента России Ельцина.
